El problema real: no es la enfermedad, es la falta de procedimiento

El escenario típico en una pyme colombiana es este: un colaborador presenta incapacidades de 2 o 3 días cada semana; asiste a laborar uno o dos días y vuelve a radicar una nueva incapacidad por diagnósticos distintos (lumbalgias, migrañas, estrés, cuadros virales, problemas osteomusculares). La operación se resiente, el equipo asume sobrecargas y el gerente siente que la empresa está atada de manos.

La reacción impulsiva es siempre la misma: “pásenle la carta, liquídenlo y páguenle la indemnización”. Y ahí nace la condena.

Aclaremos el punto jurídico de fondo, porque casi todos los artículos sobre el tema lo explican mal:

La estabilidad laboral reforzada no convierte al trabajador en inamovible: invierte la carga de la prueba. Ante un despido en estado de debilidad manifiesta, la ley presume que el motivo fue la salud, y le corresponde al empleador demostrar lo contrario con prueba documental y, según la Corte Constitucional, con la autorización previa del Inspector del Trabajo.

De modo que la pregunta correcta no es “¿puedo despedirlo?”, sino “¿por cuál de las rutas legales puedo terminar este contrato y qué pruebas necesito para que resista una tutela?”. A eso responde este artículo.

Dos casos reales: el que lo hizo mal y el que lo hizo bien

Caso A

Cómo despedir legalmente a un empleado:La salida improvisada: pagó dos veces y recuperó al trabajador en la nómina

Una empresa del sector comercial tenía un auxiliar logístico con salario de $1.600.000, dos años de antigüedad y 65 días de incapacidad discontinua en 5 meses. Cansada del ausentismo, terminó el contrato unilateralmente “pagando lo que la ley manda”: liquidación y la indemnización del artículo 64 del CST, cerca de $2.700.000.

Día 20: el trabajador radica acción de tutela por estabilidad laboral reforzada, aportando sus incapacidades vigentes y las recomendaciones médicas que la empresa nunca documentó. La compañía no tenía nada que oponer: ni ofertas de reubicación por escrito, ni concepto de rehabilitación solicitado, ni autorización del Inspector del Trabajo.

Día 30: el juez declara ineficaz el despido y ordena reintegro, pago de salarios, prestaciones y aportes causados desde la terminación hasta el reintegro efectivo, más la indemnización de 180 días de salario del artículo 26 de la Ley 361 de 1997.

La cuenta final con ese salario: $9.600.000 de indemnización especial (180 días), unos $2.900.000 de salarios, prestaciones y aportes del mes y medio sin vínculo, los $2.700.000 ya pagados al salir —que no se recuperan íntegramente— y cerca de $2.000.000 en defensa y desgaste administrativo.

Resultado: alrededor de $17.000.000 y el trabajador de vuelta en la nómina, con el mismo ausentismo y ahora con un antecedente judicial a su favor. Nótese el dato clave: solo tenía 65 días de incapacidad y ninguna PCL calificada. La protección igual operó.

Caso B

Cómo despedir legalmente a un empleado:La salida estructurada: terminación válida y sin condena

Otra empresa, con un caso casi idéntico (trabajador con 9 meses de ausentismo intermitente), no despidió. Durante 4 meses ejecutó la ruta: auditoría de certificados ante la EPS, recobro de subsidios, requerimiento del concepto de rehabilitación, examen médico ocupacional, dos ofertas formales de reubicación documentadas (una rechazada por escrito por el trabajador) y matriz de cargos que demostraba que no existía puesto compatible.

Con ese expediente radicó la solicitud de autorización ante el Inspector del Trabajo y, en paralelo, ofreció una terminación por mutuo acuerdo con acta de conciliación ante el Inspector, con una bonificación equivalente al 60% de lo que habría costado la contingencia.

Resultado: contrato terminado, acta de conciliación con tránsito a cosa juzgada, cero tutelas y ahorro estimado de $28.000.000 frente al escenario de condena.

La diferencia entre los dos casos no fue el diagnóstico del trabajador. Fue el expediente.

Las 7 rutas legales para terminar el contrato

Estas son las únicas puertas de salida válidas. Cada una tiene requisitos probatorios propios y un nivel de riesgo distinto:

#Ruta de terminaciónCuándo aplicaRiesgo de tutela
1Justa causa por incapacidad falsa o adulteradaSe prueba que el certificado no fue emitido o fue alteradoBajo (con prueba de la EPS/IPS)
2Justa causa por incumplimiento de deberesNo radica la incapacidad, no asiste a citas, no cumple el tratamiento, abandona el puestoMedio
3Justa causa legal por 180 días de enfermedad (art. 62-A num. 15 CST)Enfermedad no profesional cuya curación no fue posible en 180 díasAlto si no se agotó rehabilitación y reubicación
4Terminación por reconocimiento de pensión de invalidezPCL igual o superior al 50% y pensión reconocida en firmeBajo
5Despido con autorización previa del Inspector del TrabajoReubicación imposible y desproporción probadaBajo (es la vía blindada)
6Mutuo acuerdo con acta de conciliaciónEl trabajador acepta una bonificaciónMuy bajo (cosa juzgada)
7Causa objetiva totalmente ajena a la saludBajo rendimiento probado, cierre de área, terminación de la obraMedio-alto
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Ruta 1 — Incapacidad falsa o adulterada: la justa causa más contundente

Es el escenario más frecuente en el ausentismo abusivo y el que da la salida más limpia, siempre que se pruebe técnicamente.

Procedimiento correcto:

  • Derecho de petición a la EPS y a la IPS solicitando: (i) certificación de si el documento fue emitido, (ii) validación del RIPS, (iii) verificación del registro profesional del médico firmante y (iv) constancia de la atención.
  • Obtener la respuesta por escrito. Nunca actuar con sospechas, llamadas o capturas de pantalla.
  • Citar a diligencia de descargos con garantía plena del debido proceso: citación escrita con antelación, indicación de los hechos, derecho a ser acompañado, acta firmada y oportunidad real de defensa.
  • Si la falta se confirma, terminar el contrato con justa causa por violación grave de las obligaciones y prohibiciones del trabajador (art. 62, literal A, numeral 6 del CST, en concordancia con los arts. 58, 60 y el Reglamento Interno de Trabajo).
  • Formular denuncia penal por falsedad en documento privado (art. 289 del Código Penal) y, si hubo pago indebido de salarios o subsidios, por estafa (art. 246). El fraude procesal (art. 453) solo procede cuando se induce en error a un servidor público.
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Ruta 2 — Incumplimiento de los deberes del trabajador incapacitado

Estar incapacitado no suspende las obligaciones del trabajador. Configuran justa causa, con descargos previos y sustento en el RIT:

  • No radicar el certificado en el plazo fijado en el Reglamento Interno de Trabajo (habitualmente 2 o 3 días hábiles).
  • No tramitar la transcripción ante la EPS de la incapacidad emitida por médico particular.
  • No asistir a las citas médicas, terapias o valoraciones ocupacionales programadas.
  • Negarse injustificadamente al examen médico ocupacional o a la valoración de medicina laboral.
  • Realizar actividades incompatibles con la incapacidad (por ejemplo, trabajar para un tercero durante el reposo).
  • Rechazar por escrito y sin justificación la reubicación ofrecida con funciones compatibles y sin desmejora salarial.

Requisito previo indispensable: que el RIT regule expresamente plazos, canal de radicación y consecuencias disciplinarias. Sin RIT actualizado, esta ruta se cae.

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Ruta 3 — Los 180 días de enfermedad (art. 62, literal A, numeral 15 del CST)

Es justa causa legal la enfermedad contagiosa o crónica, o cualquier lesión, que incapacite para el trabajo y cuya curación no haya sido posible durante 180 días. Pero es de interpretación restringida:

  • Exige preaviso de 15 días al trabajador.
  • No exonera del pago de las prestaciones e indemnizaciones a que haya lugar.
  • Debe acreditarse que se agotaron la rehabilitación, los ajustes razonables y la reubicación.
  • Si el trabajador está en debilidad manifiesta —y a los 180 días casi siempre lo está— subsiste la exigencia de autorización del Inspector del Trabajo.

Usar el numeral 15 como atajo, contando días en un calendario y enviando la carta, es una de las prácticas más sancionadas por la jurisdicción constitucional.

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Ruta 4 — Reconocimiento de pensión de invalidez

Cuando la Junta de Calificación dictamina una PCL igual o superior al 50% y la AFP reconoce la pensión de invalidez, opera una justa causa legal de terminación (art. 62, literal A, numeral 14 del CST). Reglas de oro:

  • El contrato se termina cuando la pensión está reconocida y en firme, no cuando se solicita ni cuando sale el dictamen.
  • Debe mantenerse el vínculo y la afiliación hasta la inclusión efectiva en nómina de pensionados.
  • Si la PCL está entre el 15% y el 49,99%, no hay pensión: hay obligación de reubicación reforzada.
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Ruta 5 — Autorización previa del Inspector del Trabajo (la vía blindada)

Es la ruta que la Corte Constitucional exige y la que realmente protege a la empresa. Se radica ante la Dirección Territorial del Ministerio del Trabajo acreditando:

  • La condición de salud del trabajador y su historial de ausentismo certificado.
  • Que se solicitaron y obtuvieron el concepto de rehabilitación y las recomendaciones médico-laborales.
  • Matriz de cargos de toda la estructura organizacional demostrando que no existe vacante compatible con las restricciones.
  • Las ofertas formales de reubicación realizadas y su resultado (aceptación, rechazo o fracaso).
  • Los ajustes razonables intentados y su costo, para demostrar la desproporción.

El Inspector puede autorizar o negar. Autorizado el despido, la empresa termina el contrato pagando la indemnización del artículo 64 del CST, y la tutela posterior pierde su principal argumento.

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Ruta 6 — Mutuo acuerdo con acta de conciliación (la más eficiente en la práctica)

El artículo 61 del CST permite terminar el contrato por mutuo consentimiento. En estos casos es, con diferencia, la salida con mejor relación costo-riesgo:

  • Se negocia una bonificación por retiro voluntario, casi siempre muy inferior al costo de la contingencia.
  • Debe formalizarse en acta de conciliación ante el Inspector del Trabajo o ante juez laboral, que hace tránsito a cosa juzgada.
  • Un simple “acuerdo privado” o una renuncia firmada por el trabajador incapacitado no protege: se puede atacar por vicio del consentimiento y renuncia a derechos ciertos e indiscutibles.
  • No debe existir presión, amenaza de despido ni condicionamiento del pago de la liquidación.
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Ruta 7 — Causa objetiva ajena a la salud

Es posible, pero exige prueba quirúrgica de que la decisión no tuvo relación con la condición médica:

  • Bajo rendimiento: requiere el procedimiento del Decreto 1373 de 1966 (requerimientos escritos, comparativo de rendimiento, descargos y plazo de mejora) y no puede sustentarse en las ausencias por incapacidad.
  • Terminación de la obra o labor / vencimiento del plazo: debe demostrarse que desapareció la materia del trabajo. Recuerda el preaviso de 30 días en el contrato a término fijo.
  • Reestructuración o cierre de área: debe ser real, documentada y no puede afectar únicamente al trabajador enfermo.

Aun con causa objetiva, si el trabajador está en debilidad manifiesta, la vía prudente sigue siendo tramitar la autorización del Inspector.

El expediente probatorio: los 12 documentos que debes tener antes de firmar la carta

Esta es la parte que gana o pierde el caso. Antes de cualquier terminación, tu carpeta debe contener:

  1. Reglamento Interno de Trabajo vigente, publicado y con la regulación del manejo de incapacidades.
  2. Historial certificado de ausentismo (fechas, días, diagnósticos, EPS, médico emisor).
  3. Copia de todas las incapacidades y de sus transcripciones ante la EPS.
  4. Derechos de petición radicados ante EPS e IPS y sus respuestas escritas.
  5. Soportes de los recobros de subsidios radicados ante la EPS y su estado.
  6. Solicitud escrita del concepto de rehabilitación y su respuesta (o la constancia de silencio de la EPS).
  7. Exámenes médicos ocupacionales y recomendaciones médico-laborales.
  8. Dictamen de PCL, si existe, y los recursos interpuestos.
  9. Matriz de cargos y perfiles de toda la organización con análisis de compatibilidad.
  10. Ofertas formales de reubicación y actas de aceptación o rechazo firmadas.
  11. Registros del SG-SST: investigación del ausentismo, seguimiento de recomendaciones, ajustes ejecutados (Decreto 1072 de 2015 y Resolución 0312 de 2019).
  12. Actas de descargos con garantía de debido proceso, cuando la ruta sea disciplinaria.

Cómo se redacta la carta de terminación (y cómo no)

  • Nunca mencionar la enfermedad, el diagnóstico, las incapacidades ni el ausentismo médico como motivo. Es la prueba que el abogado del trabajador necesita.
  • Enunciar los hechos concretos con fechas y la norma exacta invocada (artículo, literal y numeral del CST y cláusula del RIT).
  • No incluir causales genéricas ni “entre otras”: la jurisprudencia impide alegar en juicio causales no expresadas en la carta.
  • Adjuntar o referenciar la autorización del Inspector del Trabajo, si la ruta la exigió.
  • Notificar de forma verificable y dejar constancia de entrega.
  • Pagar la liquidación completa y oportuna: la mora activa la sanción moratoria del artículo 65 del CST.

Mientras preparas la salida: no regales el dinero de las incapacidades

Cualquiera de las rutas anteriores toma semanas o meses. Durante ese tiempo la empresa debe recuperar el subsidio económico. Reglas de pago en enfermedad de origen común:

  • Días 1 y 2: a cargo del empleador. No existe norma expresa sobre el porcentaje; la práctica mayoritaria aplica el 66.67% del IBC, aunque hay posición que defiende el 100% del salario. Conviene regularlo en el RIT o en el contrato.
  • Días 3 al 180: a cargo de la EPS, al 66.67% del IBC (días 3 a 90) y al 50% (días 91 a 180), sin bajar de 1 SMLMV. La empresa paga en nómina y recobra ante la EPS.
  • Días 181 al 540: por regla general a cargo de la AFP, exista concepto de rehabilitación favorable o desfavorable (art. 41 de la Ley 100 de 1993, modificado por el art. 142 del Decreto Ley 19 de 2012). Con concepto desfavorable, la Sentencia C-270 de 2023 precisó que la AFP debe iniciar de inmediato la calificación de PCL y pagar el subsidio desde el día 181 hasta el dictamen.
  • Si la EPS no emitió el concepto de rehabilitación antes del día 120 (y no lo remitió a la AFP antes del día 150), la EPS debe pagar el subsidio desde el día 181 con sus propios recursos hasta emitirlo. Es una de las mayores fuentes de recuperación de caja para la empresa.
  • Día 541 en adelante: el pago retorna a la EPS en los supuestos del artículo 67 de la Ley 1753 de 2015 y del Decreto 1333 de 2018.
  • Si el origen es laboral: la ARL paga el 100% del IBC desde el día siguiente (Ley 776 de 2002). De ahí la importancia de tramitar la calificación de origen.
  • Prescripción: las prestaciones económicas por incapacidad prescriben en 3 años. Recobrar tarde es perder el dinero.

Los 5 errores que anulan cualquier despido

  1. Creer que la indemnización del artículo 64 del CST legaliza la salida. Pagar no convalida un despido ineficaz.
  2. Confesar el motivo en la carta. Escribir “por su alto ausentismo médico” equivale a entregar la condena firmada.
  3. Despedir sin haber ofrecido reubicación por escrito. Sin oferta documentada, la desproporción es indemostrable.
  4. Contar los 180 días como si fueran un plazo automático de despido.
  5. Presionar una renuncia o firmar un acuerdo privado en lugar de conciliar ante el Inspector o el juez.

Marco normativo y jurisprudencial en Colombia

  • Ley 361 de 1997 (Artículo 26): prohíbe el despido por razón de la limitación sin autorización de la oficina del Trabajo y establece la indemnización de 180 días de salario.
  • Sentencia C-531 de 2000 (Corte Constitucional): exequibilidad condicionada del artículo 26: el despido sin autorización del Inspector carece de todo efecto jurídico y el pago de la indemnización no lo convalida.
  • Sentencia de Unificación SU-087 de 2022 (Corte Constitucional): regla unificada del fuero de salud; protege a quien sufre una afectación que impida o dificulte sustancialmente su labor, sin exigir PCL superior al 15% ni certificado de discapacidad. Reiterada en SU-061, SU-269 y SU-428 de 2023.
  • Sentencia SU-213 de 2024 (Corte Constitucional): dejó sin efectos un fallo de casación laboral por desconocer el precedente de SU-049 de 2017 y SU-087 de 2022.
  • Sentencia SL1360-2018 (Corte Suprema de Justicia, Sala de Casación Laboral): la autorización previa se exige cuando el despido se motiva en la discapacidad y el reintegro no es automático. Hay divergencia entre las dos Cortes: la decisión empresarial debe tomarse bajo el escenario más protector.
  • Artículo 62, literal A, numerales 6, 9, 14 y 15 del CST: justas causas por violación grave de obligaciones, bajo rendimiento, reconocimiento de pensión de invalidez y enfermedad de más de 180 días.
  • Artículos 61, 64 y 65 del CST: modos de terminación, indemnización por despido sin justa causa y sanción moratoria.
  • Decreto 1373 de 1966: procedimiento obligatorio para invocar el bajo rendimiento como justa causa.
  • Ley 2466 de 2025 (Reforma Laboral): modificó el artículo 57 del CST e impuso cuotas obligatorias de contratación de personas con discapacidad para empresas de más de 100 trabajadores, exigibles desde junio de 2026. Eleva el estándar de diligencia en ajustes razonables y reubicación.
  • Decreto Ley 19 de 2012 (Artículos 121 y 142): trámite de reconocimiento de prestaciones económicas y plazos del concepto de rehabilitación (día 120) y su remisión a la AFP (día 150).
  • Sentencia C-270 de 2023: exequibilidad condicionada sobre el pago del subsidio entre los días 181 y 540.
  • Ley 1753 de 2015 (Art. 67) y Decreto 1333 de 2018: pago de incapacidades superiores a 540 días.
  • Decreto 780 de 2016: reconocimiento y transcripción de licencias e incapacidades.
  • Ley 776 de 2002 (Arts. 4° y 8°): reincorporación y reubicación en eventos de origen laboral y pago por la ARL al 100% del IBC.
  • Decreto 1072 de 2015 y Resolución 0312 de 2019: obligaciones del SG-SST en ausentismo, exámenes ocupacionales y seguimiento de recomendaciones.
  • Ley 1618 de 2013 y Resolución 1197 de 2024: derechos de las personas con discapacidad y certificado de discapacidad.
  • Código Penal (Arts. 246, 289 y 453): estafa, falsedad en documento privado y fraude procesal.

Preguntas frecuentes de gerentes y líderes de RR.HH.

1. ¿Puedo despedir a un trabajador que se incapacita todas las semanas?

Respuesta: Sí, pero solo por una de las siete rutas descritas y con expediente probatorio. Lo que no puedes hacer es terminar el contrato invocando —expresa o implícitamente— el ausentismo médico. La salida más segura es la autorización del Inspector del Trabajo o la conciliación por mutuo acuerdo.

2. ¿Cuánto tiempo toma hacerlo bien?

Respuesta: Entre 2 y 6 meses según la ruta. La auditoría de certificados y los recobros arrancan de inmediato; el concepto de rehabilitación depende de la EPS; el trámite ante el Inspector del Trabajo suele tomar de 1 a 3 meses. La conciliación por mutuo acuerdo puede resolverse en semanas.

3. ¿El trabajador tiene que estar incapacitado el día del despido para estar protegido?

Respuesta: No. La protección opera mientras subsista la situación de debilidad manifiesta: restricciones médicas vigentes, tratamiento en curso, historial reciente de incapacidades o proceso de calificación de PCL en trámite. Esperar a que “se le venza la incapacidad” para despedir no elimina el riesgo.

4. Si supera 180 días de incapacidad, ¿ya puedo despedirlo automáticamente?

Respuesta: No. El artículo 62-A numeral 15 del CST exige preaviso de 15 días, no exonera de prestaciones e indemnizaciones y requiere haber agotado rehabilitación, ajustes razonables y reubicación. Si hay debilidad manifiesta, además se necesita autorización del Inspector del Trabajo.

5. ¿Puedo no renovar un contrato a término fijo si el empleado está incapacitado?

Respuesta: No de manera automática. La simple llegada del plazo no basta: hay que demostrar que desapareció la materia del trabajo o contar con autorización del Inspector. Recuerda el preaviso de 30 días. La Corte Suprema admite la terminación por vencimiento cuando la causa es ajena a la salud, pero por la divergencia de criterios la vía prudente es el trámite ante el Ministerio.

6. ¿Sirve pedirle la renuncia y pagarle una bonificación?

Respuesta: Solo si es un acuerdo genuinamente voluntario y se formaliza en acta de conciliación ante el Inspector del Trabajo o ante juez laboral. Una renuncia firmada bajo presión o un acuerdo privado son atacables por vicio del consentimiento y no impiden la tutela.

7. ¿Qué hago si descubro que una incapacidad es falsa?

Respuesta: No actúes por vías de hecho. Solicita por escrito a la IPS y a la EPS la certificación de no emisión y la validación del RIPS. Con esa prueba, cita a descargos garantizando el debido proceso (el art. 115 del CST regula el procedimiento disciplinario y la jurisprudencia extendió esa garantía a la terminación con justa causa) y termina el contrato por el artículo 62, literal A, numeral 6 del CST. En el plano penal, denuncia por falsedad en documento privado y, si hubo pago indebido, por estafa.

8. ¿El trabajador incapacitado sigue acumulando prestaciones?

Respuesta: Sí, como regla general. La incapacidad por enfermedad no está entre las causales de suspensión del contrato del artículo 51 del CST, de modo que el vínculo subsiste y el tiempo se computa para prima y cesantías; el disfrute de vacaciones se aplaza hasta que cese la inhabilidad. Matiz: existe jurisprudencia que sostiene que las incapacidades superiores a 180 días interrumpen el tiempo efectivo de servicios para causar vacaciones. En incapacidad prolongada, la liquidación debe revisarse caso a caso.

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  • Diagnóstico de ruta: analizamos el caso y definimos por cuál de las siete vías procede la terminación y con qué probabilidad de éxito.
  • Construcción del expediente probatorio: derechos de petición a EPS e IPS, historial certificado de ausentismo, matriz de cargos y ofertas formales de reubicación.
  • Recuperación de cartera por incapacidades: estructuramos y radicamos los recobros ante EPS, AFP y ARL para que no pierdas flujo de caja.
  • Trámite ante el Ministerio del Trabajo: radicación y sustentación de la solicitud de autorización de despido.
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Nota legal: este contenido tiene fines informativos y divulgativos y no constituye asesoría jurídica para un caso concreto. Las normas y sentencias citadas se encuentran vigentes a la fecha de publicación y pueden ser modificadas o reinterpretadas. Toda terminación de contrato en contexto de ausentismo médico debe analizarse con el expediente laboral y médico específico.

Artículo elaborado por el equipo de Derecho Laboral y Seguridad Social de LEGAL HELP S.A.S.
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